Николо-Чернеевский мужской монастырь был основан в 1573-ем году донским казаком по имени Матфей, прибывшим с Дона на реку Цну, в пределы нынешнего Шацкого района, Рязанской области. В подражание древним пустынникам, отыскивая уединение для духовных подвигов, он поселился в непроходимом лесу, близ селений Мордвы. Язычество мордвичей печалило благочестивого старца и он решился возвестить им Веру Христову. Умная беседа на родном их языке, которому он нарочно для этого выучился и строгая, подвижническая жизнь обратили на него общее внимание. С каждым днем увеличивавшееся число его учеников побудило старца испросить благословение Рязанского епископа Леонида на основание обители в обитаемом им лесу. В 1573-ем году епископом Леонидом Матфей посвящен был в иеромонаха и назначен строителем новоучрежденной обители, находящейся сейчас на реке Цне, в 20 километрах от города Шацка, Рязанской области. Монастырь основан во имя Святителя и Чудотворца Николая и назван Чернеев, от "окружавшаго оный чорнаго густаго леса." В древних актах он назывался также пустынею Матфеевою.
Пожив богоугодно 69 лет, строитель Матфей скончался, оставив о себе память, как первого провозвестника Христианской Веры в том краю.
Преемники Матфея достойно поддерживали славу обители. Настоятелям её с давних пор присвоено звание архимандритов. Он числился, по расписанию, в 3-ем классе, и имел братии до 30-ти человек. Содержался на доходы с отведенных в пользование монастыря, определенных по закону, участков земли и приношениями богомольцев, которые из разных мест приходили поклониться Святыне.
В обители находились некоторые, особо чтимые Святыни: Образ Спаса Нерукотворенного древнего греческого письма, богато украшенный; Крест запрестольный старинного греческого мастерства, одного времени и формы с таким же Крестом, находящимся на Куликовом поле, в селе Рождественском; чудотворная икона Святителя Николая; образ Святого угодника Мины существовавший с незапамятных времен, принесенный в безлюдную Чернееву пустынь одним из пустынников, принявшим эту икону в благословение из Святой земли. К сожалению, после закрытия монастыря в 1926-ом году, эти святыни исчезли и, в настоящее время, их местонахождение неизвестно. В 2000-ом году была передана в монастырь икона Святого Великомученика и Целителя Пантелеимона, которая была написана на святой горе Афон для Свято-Николо-Чернеевского монастыря. После закрытия монастыря, эта икона была сохраняема одной из жительниц села Старочернеево у нее в доме, где она с благоговением молилась перед ней. В январе 2000-го года братия монастыря, с крестным ходом, перенесли этот образ из дома рабы Божией Марии в монастырский храм святого Архангела Михаила и установили его в церкви для всеобщего почитания.
Здания монастырские также носят на себе отпечаток особенности. Каменный соборный, холодный храм с двумя престолами во имя Святителя Николая и Рождества Пресвятой Богородицы, по красоте архитектуры не имеет себе равных; свод его утвержден на одном столбе находящемся посредине храма. Его венчают пять куполов с крестами. Построен он был в 1751-ом году. Теплая каменная двухэтажная церковь, с храмами: в нижнем этаже во имя Архистратига Михаила, а в верхнем - во славу Казанской иконы Божией Матери. Строительство его было завершено в 1638-ом году. Колокольня построена в три яруса: в нижнем были устроены святые врата, открывавшие торжественный вход в монастырь, на втором - храм в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла, на верхнем - звонница. Колокольня была построена в 1813-ом году. Монастырь обнесен каменной стеной с башнями по углам. При своем основании монастырь состоял из деревянных храмов и корпусов, но в начале 17-го века он начал перестраиваться в кирпичные постройки. В 19-ом веке монастырь окончательно обустроился.
Николо-Чернеевский мужской монастырь с 1912-го по 1926-ой годы был женским. Настоятельницей монастыря была игумения Маргарита. Количество сестёр монастыря достигало 40 человек. Шацкий район входил в состав Тамбовской области более 200 лет, но в 1926-ом году он вошёл в состав Рязанской области, а вместе с этим и монастырь стал относиться к Рязанской епархии. В 1926-ом году пребывание сестёр в монастыре было запрещено советской властью и они вынуждены были оставить свою обитель. Некоторые из них удалились в город Моршанск Тамбовской области, а несколько монахинь дожили свой век в соседней деревне именуемой «Боголюбовка». Многие из насельниц монастыря стали исповедницами Веры Христовой. Монастырский храм продолжал Богослужения до 1936-го года.
После окончательного закрытия храма и прекращения Богослужений, монастырь был передан местному совхозу для использования в жилищно-бытовых целях. Внутри соборного храма Святителя Николая Чудотворца размещалось зернохранилище, а в пристройке к храму была мельница.
В храме Казанской иконы Божией Матери находились магазин и склад, а на верхнем ярусе колокольни, где когда-то звонили колокола, был установлен водонапорный бак. В братских корпусах жили простые рабочие, а в одном из зданий было правление совхоза. В результате неправильного и кощунственного использования монастырских строений, некоторым зданиям был нанесён непоправимый ущерб, который в настоящее время восстанавливается за счёт пожертвований благотворителей монастыря.
В 1970-ом году монастырь был передан на баланс Желанновского краеведческого музея. Директор музея Николай Илларионович Панин проводил посильную реставрацию зданий монастыря. Его трудами была заново построена северо-западная угловая башня монастыря, а также
Первым настоятелем Николо-Чернеевского мужского монастыря был поставлен игумен (ныне архимандрит) Феодосий (Агапов). Он нёс это послушание с 1991-го по 1993-ий годы. Поднимать разрушенный монастырь из руин было нелегко, но помощь Божия сопутствовала доброму пастырю решившемуся на трудный подвиг.
В первый же год начала реставрации, отец Феодосий смог подготовить к освящению храм святого Архангела Михаила. В Ноябре 1991-го года Высокопреосвященнейший Симон архиепископ Рязанский и Касимовский освятил этот первый монастырский храм.
В 1993-ем году продолжение дела по восстановлению монастыря принял на себя игумен Пимен (Боханов). Новый настоятель, в дополнение к трудам своего предшественника, приложил усилия к тому, чтобы ввести в монастыре ежедневное Богослужение и пополнить количество братии. Была продолжена реставрация храма и нескольких жилых корпусов монастыря. Совершалось духовное окормление окрестных сёл. Действовала Воскресная школа для детей.
Летом 1997-го года послушание настоятеля монастыря было возложено на игумена Филарета (Кулешова). Он подготовил к освящению храм в честь Казанской иконы Божией Матери, который был освящён Высокопреосвященнейшим Симоном архиепископом Рязанским и Касимовским 31-го мая 1998-го года. Отец Филарет ещё более пополнил состав братии монастыря. Он продолжил труды по реставрации жилых корпусов, духовному окормлению жителей окрестных сёл. После получения высокого духовного образования, отец Филарет был переведён преподавателем в Рязанскую Духовную Семинарию.
В сентябре 1998-го года настоятелем Николо-Чернеевского мужского монастыря был назначен иеромонах (ныне игумен) Феофан (Данченков).
Посещение нашего монастыря Владыкой Симоном было связано с освящением левого алтаря Никольского Собора 16-го Сентября 1999-го года. Престол в этом алтаре был освящён в честь Святителя Николая Чудотворца.
В Июле 2000-го года был освящён надвратный храм, в колокольне нашего монастыря, в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла.
В сентябре 2001-го года 16-го числа, наместником Свято-Троицкого мужского монастыря г.Рязани архимандритом Андреем, по благословению митрополита Симона, был освящён правый алтарь Никольского Собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
В период с 2002-го по 2007-ой годы в монастыре проводилась активная реставрация храмов и жилых помещений.
После назначения на Рязанскую кафедру, Высокопреосвященнейший Павел архиепископ Рязанский и Касимовский неоднократно посещал нашу обитель, совершая Богослужения.
В настоящее время в монастыре проживает 7 человек братии и